La limite Permien Trias est marquée par d'autres disparitions ; 90 à 95 % de la vie marine sera victime d'une extinction de masse. De nouveau les plus touchés seront les coraux, mais certaines espèces disparaîtront à jamais comme les trilobites et certains poissons primitifs.
Cet événement catastrophique ressemble beaucoup à celui de la fin du Crétacé. Il est associé à la présence de micro-sphérule d'origine extra-terrestre, mais une collision avec un astéroïde n'est pas encore prouvée, il s'agissait plutôt de pluie de météorites pendant un laps de temps assez long (10'000 à 100'000 ans).
Tout comme au Crétacé, on note aussi une activité volcanique intense de type point chaud précédent et accompagnant la catastrophe. Ces traps basaltiques se retrouvent quasiment sur toute la Sibérie et aussi en Chine, donc sur une surface immense représentant une quantité énorme de matériel volcanique épanché et de gaz et poussière mis dans l'atmosphère. Ainsi la limite est marquée par une chute du niveau de la mer, impliquant un refroidissement du climat dû à la grande quantité de poussière volcanique (éventuellement due aussi à un impact météoritique), affectant la quantité de chaleur apportée par le rayonnement solaire.
C'est certainement l'effet combiné de ces différents facteurs qui aurait dégradé d'abord graduellement les éco-systèmes, puis la chute de météorites et un refroidissement plus important auront été fatals pour beaucoup de groupes déjà en équilibre précaire dans leur éco-système.